１：javascriptからPHPは$.ajaxを使用

$.ajax(ajaxOption);

２：PHPからjavascriptはjson形式で返す

$json = json_encode($result);
echo $json;

3:受け取り側javascriptでjsonにパース

json = null;
try{json = $.parseJSON(msg);}catch(e){}
if(json){
//処理
}